Сильные дожди, регулярно идущие на территории Амурской области, обеспечивают приток влаги в речную сеть, местами формируя паводки, водность большинства рек в этом сезоне повышенная. Питание рек бассейна Амура преимущественно дождевое, а июньские и июльские осадки в большинстве районов норму превышают. В первой половине лета уже прошли паводки на реках Селемджа и Томь, и на крупных реках области – Амуре и Зее – уровни воды сейчас выше средних многолетних.

По сообщениям пресс-службы РусГидро, за сутки 12 июля приток к створу Зейской ГЭС достиг 16100 м³/с, что является максимумом за период гидрологических наблюдений на реке Зея (с 1901 г.). При этом расходы в нижний бьеф составляли всего лишь 726 м³/с. Остальную воду задержало водохранилище, срезав пик притока в 22 раза. Если бы не было плотины и водохранилища, вся вода, не встречая преград, оказалась бы ниже по течению Зеи и далее Амура, где находятся крупные населенные пункты. Таким образом, Зейский гидроузел в очередной раз выполнил функцию противопаводковой защиты.

В связи со сложившейся гидрологической обстановкой с 13 июля 2016 года Амурское бассейновое водное управление установило новый режим сбросов для Зейской ГЭС — в интервале 900-1300 м³/с. Это максимально возможный турбинный расход Зейской ГЭС. Гидроэлектростанция работает в штатном режиме.

Напомним, что во время масштабного наводнения в бассейне Амура 2013 года водохранилище Зейской ГЭС аккумулировало до 60% притекающей воды, чем значительно сгладило последствия стихийного бедствия. В июле 2013 года аккумуляция стока водохранилищем составила около 8 куб. км, в августе — около 3 куб. км.